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酶切法建库试剂 DNA裂解试剂(DNA Fragmentation Reagent)
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    翌圣生物

  • 所在地区:

    上海

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    体外诊断、耗材、技术服务、抗体、ELISA 试剂盒、细胞库 / 细胞培养、试剂

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酶切法PCR-Free建库,1h/1ng极速建库

1732 人阅读发布时间:2020-10-20 10:00

高通量测序中,常规的文库构建需要PCR扩增,一方面,是为了对微量DNA样本进行扩增,提高文库产量,另一方面,可以放大荧光信号,让测序仪更容易捕获和识别荧光信号,提高测序准确度。但是,PCR就像一把“双刃剑”,在解决了样本起始量低的问题并起到放大荧光信号作用的同时,却也引入了扩增错误和偏向性,不能完美地呈现基因组序列“真实面貌”。因此,PCR-Free技术的引入,既具备了PCR的优势,也克服了PCR的缺点。
新闻图片1
图1:PCR-Free技术优势

酶切法PCR-free建库试验验证
实验目的:
验证酶切法PCR-free建库试剂盒最低样本投入量。
实验描述:
不同来源样本,不同投入量,统一酶切12min不分选,进行PCR-free建库,使用qubit定量文库并通过2100核实文库条带分布。
结果展示:
建库信息 12209试剂盒(片段化/末修/加A+接头连接)
模板 NA12878 小牛胸腺 E.coli
编号 A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7 A8 A9 A10 A11 A12 A13 A14 A15
投入量-ng 1 5 10 50 145 1 5 10 50 180 1 5 10 50 186
回溶体积-μl 5 10 10 21 21 5 10 10 21 21 5 10 10 21 21
Qubit-ng/μl 0.25 0.6 1.23 3.02 8.72 0.29 0.5 1.31 3.5 11 0.22 0.55 1.43 3.46 11.4
产量-ng 1.25 6 12.3 63.42 183.12 1.45 5 13.1 73.5 231 1.1 5.5 14.3 72.66 239.4
注:由于部分接头残留,Qubit检测文库浓度最终大于样本的投入量。
新闻图片2
注:由于Y接头结构的影响,2100不能准确分析PCR-free真实文库大小;电泳图-文库主带约在380-400bp。
图2:A5、A10、A15 PCR-free文库电泳图及A3、A8、A13 2100峰图
结论:
酶切法PCR-free建库试剂盒,样本最低投入可低至1ng。
机械法PCR-free建库试验验证
实验目的:
对照试验,实验条件与上述酶切建库一致,验证低投入量机械法建库产量与酶切法差别。
实验描述:
不同来源的样本,统一机械打断,用相同的比例分选出300bp大小的插入片段,选择投入1/5/10 ng分选产物进行PCR-free建库,使用qubit定量文库并通过2100核实文库条带分布。
结果展示:
建库信息 12201(末修/加A+接头连接)
模板 NA12878 小牛胸腺 E.coli
编号 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9
投入量-ng 1 5 10 1 5 10 1 5 10
回溶体积-μl 5 10 10 5 10 10 5 10 10
Qubit-ng/μl 0.256 0.59 1.2 0.28 0.53 1.01 0.24 0.52 1.13
产量-ng 1.28 5.9 12 1.4 5.3 10.1 1.2 5.2 11.3
注:由于部分接头残留,Qubit检测文库浓度最终大于样本的投入量。
 新闻图片3
注:超声分选模板-主带大小300bp,即PCR-free文库大小约420bp
图3:超声分选模板2100峰图(左)及B3、B6、B9文库2100峰图(右)
结论:
机械法PCR-free建库试剂盒,1/5/10 ng投入文库产出与酶切法相近。
总  结
根据Qubit值判断,酶切法PCR-free建库高低投入量均有文库产出,且低投入量文库产出与机械法PCR-free建库相当。文库2100峰图显示PCR-free文库有微量接头残留,实验时接头用量需根据实际情况进行调整。(注:实际样本操作时,建议选用qPCR文库定量,可更直观显示有效文库产量)
由上述两个实验可以看出,酶切法PCR-free建库低投入量实验完全可以达到机械法建库的效果,而且建库流程精简,无需复杂的机械片段化过程,一步完成片段化/末端修复/加A ,1h即可完成整体的建库流程,是目前快速建库的不二之选。
产品推荐
Hieff NGS® OnePot PCR-free DNA Library Prep Kit
                                                          ——1h极速建库首-选试剂盒
Hieff NGS® OnePot PCR-free DNA Library Prep Kit 可用于 Illumina 和 MGI 测序平台的 PCR-free 文库构建。本试剂盒优
化了末修加 A 以及接头连接体系,极大增加了文库转化效率,适合用于病原微生物 mNGS 领域的快速建库。

产品特点:
  1. 适用样本类型广:适用1ng-1μg的基因组DNA、全长cDNA等样本
  2. 无偏好性:高质量片段化酶,可随机切割双链DNA,酶切片段无偏好性
  3. 超高品质酶学组成:业界领-先的文库转化率,最高可达80%以上
  4. 品质稳定:严格的批次性能与稳定性质控
产品类型 名称 货号
建库试剂盒 Hieff NGS® OnePot PCR-free DNA Library Prep Kit 12209ES08/24/96
片段化/末修/加A模块 Hieff NGS® Fast-PaceTM DNA Fragmentation Reagent 12609ES24/96
快速连接模块 Hieff NGS® UltimaTM DNA Ligation Module 12604ES24/96/98
长接头 Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina® 12615/6/7/8ES04/16
磁珠 Hieff NGS® DNA Selection Beads 12601ES03/08/56/75
文库定量 dsDNA HS Assay Kit for Qubit® 12640ES60/76
Hieff NGS® Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix 12302ES05/09
Hieff NGS® Library Quantification Kit for Illumina®, DNA Standard 1-6 12307ES09

 

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